Der Anime spielt in einer parallelen variante unserer Gegenwart, in der die Technisierung des Alltags weiter fortgeschritten ist. Es gibt niemanden, der kein persönliches Computerterminal (kurz PET genannt) besäße. Diese handlichen Computer sind alle miteinander über das Internet verbunden und auf jedem dieser PETs läuft daher ein sogenanntes NetNavi, eine künstliche Intelligenz, die der Abwehr von Viren und anderen schädlichen Programmen dient. Kämpfe zwischen verschiedenen NetNavis erfreuen sich hoher Beliebtheit bei den Benutzern.
Hikari Nettos NetNavi ist Rockman - die KI ist nebenbei noch sein bester Freund. Sie wollen es an die Spitze der Net-Kämpfer schaffen und müssen außerdem noch zahlreiche andere Abenteuer im Netz bestehen...
Episode01- Einklinken! MegaMan!
Episode02- Panik im U-Bahn-Tunnel
Episode03-Ampelchaos
Episode04-Eins
Episode05- Angriff der Robo-Fische!
Episode06- Operation Yoga-Tier
Episode07- NumberMan dreht durch!
Episode08- Sieg durch Trick
Episode09-Die Retter der Ehre I
Episode10- Die Retter der Ehre II
Episode11- Party mit Hindernissen
Episode12- Der legendäre Programmsprung
Episode13- Die schwarzen Zwillinge
Episode14- Das Fischauge
Episode15- Rolls Verwandlung
Episode16- Rolls Verwandlung II
Episode17- Warten auf Chaud
Episode18-Der Einzelkämpfer
Episode19-Das Titanic-Gefühl
Episode20- Rufe aus dem digitalen Jenseits
Episode21-Wieder einer weniger
Episode22- MegaMan lebt!
Episode23-Wer hat MegaMan geklaut?
Episode24- Miese Tricks
Episode25-Wer ist Kid Grave?
Episode26- Die Virusfabrik
Episode27- Unverhoffter Geldsegen
Episode28- Countdown in die Katastrophe
Episode29- Die große Pinguinplage
Episode30- Der rote Blitz
Episode31- Die CutMan-Brüder
Episode32- Mit vereinten Kräften
Episode33- Chisao
Episode34- Hilfe für Prinzessin Pride
Episode35-Auf zum Mond!
Episode36- Bruderliebe
Episode37-Der NetMobile Grand Prix!
Episode38- Das VirenBiest!
Episode39- Mr. Wilys Rückkehr
Episode40- Bass und das VirenBiest
Episode41-Das Ende vom Ende
Episode42-Besuch aus der Cyberwelt
